Την εποχή του Πάπα Ουρβανού Δ' (1263) και του διαδόχου του Κλήμεντος Δ' (1267) ο αυτοκράτορας της Κωνσταντινούπολης Μιχαήλ Παλαιολόγος άρχισε να διαπραγματεύεται για την ένωση της Ανατολικής Ορθοδόξου Εκκλησίας με τη Δυτική. Ο Πάπας Κλήμης Δ' έστειλε στην Κωνσταντινούπολη προς υπογραφή τους όρους της ενώσεως, στους οποίους μεταξύ άλλων ο Πάπας εθεωρείτο ως διακιούμενος από τον Θεό να κρίνει και να αποφασίζει οριστικά για κάθε δογματικό ζήτημα ή άλλη εκκλησιαστική διαφωνία.
Έτσι ο Πάπας αναδεικνυόταν σε υπέρτατη εκκλησιαστική εξουσία, οι δε Σύνοδοι, Τοπικές ή Οικουμενικές, εκμηδενίζονταν. Το ζήτημα όμως, λόγω πατριαρχικών ανωμαλιών δεν προχώρησε και ο αυτοκράτορας δεν μπορούσε να ενεργήσει μόνος.
Οι διαπραγματεύσεις επαναλήφθηκαν το έτος 1273, όταν προχειρίσθηκε Πάπας ο Γρηγόριος ο Ι', ο οποίος δήλωσε ότι δέχεται το ζήτημα της ενώσεως να συζητηθεί σε Σύνοδο, η οποία ορίσθηκε να συνέλθει στην πόλη Λυών της Γαλλίας.
Ο βασιλεύς δήλωσε στους απεσταλμένους του Πάπα, ότι δέχεται την πρόταση και θα αποστείλει πρέσβεις επιτετραμμένους στη Σύνοδο, αλλά ο Πατριάρχης Ιωσήφ αντιστάθηκε και διαμαρτυρήθηκε έντονα, ότι ποτέ δεν θα ήθελε να υπογράψει ένωση με τον Πάπα που θα αναγνώριζε σε αυτόν έξω από τις ιεράς παραδόσεως και των εκκλησιαστικών θεσμίων τέτοια εξουσία. Ο βασιλεύς εξοργίσθηκε. Μη τολμών να αγγίσει τον Πατριάρχη προέβη σε φοβερό διωγμό των λοιπών, άλλους βασάνισε και άλλους εξόρισε. Και επειδή όλοι οι κάτοικοι της Κωνσταντινουπόλεως ετάχθησαν κατά της ενώσεως, ο αυτοκράτορας Μιχαήλ, τυφλωμένος από την αμαρτία και το πείσμα, δήλωσε ότι, επειδή αυτός είχε ανακτήσει την Πόλη από τους Φράγκους, εδικαιούτο να είναι ιδιοκτήτης της και ζήτησε από τον λαό να του καταβάλουν ενοίκιο για τις κατοικίες τους.
Η απαίτηση αυτή και τα βίαια μέτρα έκαναν πολλούς από τους κατοίκους της Κωνσταντινουπόλεως να φύγουν σε χώρες έξω από την δικαιοδοσία του αυτοκράτορα, άλλους δε να αποσυρθούν στην επαρχία, όπου διοργάνωσαν ένοπλα σώματα κατά της αυτοκρατορικής αυθαιρεσίας. Παρ' όλα αυτά βασιλικοί απεσταλμένοι μετέβησαν στη Σύνοδο της Λυώνος και υπέγραψαν τις παπικές προτάσεις περί ενώσεως, απεδέχθησαν δηλαδή την προσθήκη στο Σύμβολο της Πίστεως, ότι το Άγιο Πνεύμα εκπορεύεται και εκ του Υιού, και αναγνώρισαν την κυριαρχία του Πάπα και το δικαίωμά του να μνημονεύεται από τον Πατριάρχη, όταν αυτός θα λειτουργούσε.
Ο Πατριάρχης Ιωσήφ αντιστάθηκε στο ζήτημα της ενώσεως και υπέβαλε την παραίτησή του. Έτσι, τον Μάιο του 1275, Πατριάρχης έγινε ο έως τότε Χαρτοφύλαξ της Μεγάλης Εκκλησίας Ιωάννης Βέκκος. Όμως, ο λαός, ο κλήρος και οι μοναχοί αρνούνταν να δεχθούν αυτή την ένωση, την οποία απέκτουαν και η αδελφή του αυτοκράτορα Ευλογία, ο τότε άρχοντας της Ηπείρου Νικηφόρος, ο αδελφός του αυτοκράτορα Ιωάννης, δούκας των νέων Πατρών και άλλοι συγγενείς του βασιλέως. Δυστυχώς οι πιέσεις και οι εκβιασμοί για την ένωση συνεχίστηκαν με τα πλέον τυραννικά μέσα και τον διωγμό κατά των υπερασπιστών της ορθοδόξου πίστεως.
Στη μεγάλη αυτή μάχη δεν έμεινε αμέτοχο το Άγιον Όρος.
Η Μονή Βατοπαιδίου διαμαρτυρήθηκε τολμηρά κατά του βασιλέως και του Πατριάρχου. Κατεδίωξαν, λοιπόν, τους μοναχούς κατά τον κινηθέντα κατά του Αγίου Όρους διωγμό το έτος 1280. άλλους βασάνισαν, τον δε Ηγούμενο της Μονής Ευθύμιο έπνιξαν στην θάλασσα, ενώ δώδεκα άλλους μοναχούς τους απαγχόνισαν.